No âmbito da área de investigação da biodiversidade e conservação aquático‑costeira, o InOM tem como funções inventariar e monitorizar a biodiversidade aquática e costeira no território nacional, realizar investigação sobre espécies não alvo da pesca e desenvolver estudos que assegurem a conservação e o aproveitamento sustentável do potencial da biodiversidade aquática. Compete-lhe ainda estudar o papel desta biodiversidade no funcionamento dos ecossistemas, promover a proteção e recuperação de espécies em risco de extinção, identificar o património genético dos seres aquáticos e investigar a origem de espécies invasoras. Entre as suas responsabilidades incluem-se também a identificação de espécies para listagem em categorias de proteção, a realização de estudos de taxonomia, a análise da conectividade nos ecossistemas aquáticos e costeiros, bem como a investigação genética de espécies selvagens e de aquacultura, aprofundando as interações entre a biodiversidade e o ambiente aquático. Esta área dedica-se igualmente a investigar os impactos das variações e mudanças climáticas, a manter atualizada a informação sobre habitats, ecossistemas e espécies nos domínios costeiros, marinhos, fluviais e lacustres, e a estudar os efeitos da pesca e de outras atividades humanas sobre a biodiversidade. Inclui ainda a avaliação da pressão antropogénica e o desenvolvimento de cenários de adaptação, a proposta e promoção de Áreas de Conservação Marinha, a análise dos impactos da coleta de espécies, e a monitorização contínua para evitar a perda da biodiversidade e garantir a manutenção do seu valor ecológico e estético. Finalmente, esta área assegura a divulgação dos resultados da investigação científica e promove pesquisas nas Áreas de Conservação Marinha, com vista a avaliar o nível de prestação dos serviços ecossistémicos.